COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 9.658932 9.658932 10.303765
2021-05-08 17:00:00 9.294424 9.294424 10.436018
2021-05-07 17:00:00 10.000190 10.000190 10.651638
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 10.847797
2021-05-05 17:00:00 9.256102 9.256102 11.047550
2021-05-04 17:00:00 9.659440 9.659440 11.164360
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 11.456770

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 7.997794 7.997794 8.118650
2021-05-08 17:00:00 4.711752 4.711752 8.269084
2021-05-07 17:00:00 11.180833 11.180833 8.309508
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 8.465207
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 8.563998
2021-05-04 17:00:00 5.494505 5.494505 8.647501
2021-05-03 17:00:00 9.762533 2.163110 8.602542

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 17.457627 17.457627 16.606386
2021-05-08 17:00:00 16.093535 16.093535 17.133518
2021-05-07 17:00:00 19.077901 19.077901 17.518195
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 17.827579
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 18.180749
2021-05-04 17:00:00 11.960133 11.960133 18.126462
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.851852 18.271307

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 10.239580 10.239580 9.538555
2021-05-08 17:00:00 11.637631 11.637631 9.524506
2021-05-07 17:00:00 12.704687 9.119142 9.586797
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 9.733355
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 9.960892
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 10.148771
2021-05-03 17:00:00 13.028571 6.924829 10.379901

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 8.092144 8.092144 8.546908
2021-05-08 17:00:00 7.589980 7.589980 8.716466
2021-05-07 17:00:00 9.070027 9.070027 8.965551
2021-05-06 17:00:00 9.095861 9.095861 9.219061
2021-05-05 17:00:00 8.225797 8.225797 9.415600
2021-05-04 17:00:00 10.082570 10.082570 9.637368
2021-05-03 17:00:00 18.101170 6.277000 10.104994

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 22.491349 22.491349 20.287513
2021-05-08 17:00:00 22.107125 22.107125 20.348881
2021-05-07 17:00:00 21.796797 21.796797 21.160188
2021-05-06 17:00:00 16.522960 16.522960 21.403815
2021-05-05 17:00:00 13.004172 13.004172 21.446388
2021-05-04 17:00:00 16.079077 16.079077 21.733959
2021-05-03 17:00:00 31.344743 31.344743 22.377001

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 4.551539 4.551539 5.374917
2021-05-08 17:00:00 4.497751 4.497751 5.555687
2021-05-07 17:00:00 4.240631 4.240631 5.796782
2021-05-06 17:00:00 5.184705 5.184705 6.229254
2021-05-05 17:00:00 6.533984 6.533984 6.417333
2021-05-04 17:00:00 8.060606 8.060606 6.731276
2021-05-03 17:00:00 7.858243 7.858243 7.007452

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 5.181483 5.181483 5.190981
2021-05-08 17:00:00 5.396208 5.396208 5.211984
2021-05-07 17:00:00 6.050085 6.050085 5.267455
2021-05-06 17:00:00 5.177644 5.177644 5.283939
2021-05-05 17:00:00 4.199659 4.199659 5.324429
2021-05-04 17:00:00 4.623445 4.623445 5.338520
2021-05-03 17:00:00 9.788242 5.432254 5.358089

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 7.132802 7.132802 8.094959
2021-05-08 17:00:00 9.257562 9.257562 8.219160
2021-05-07 17:00:00 6.859206 6.859206 8.517075
2021-05-06 17:00:00 8.033573 8.033573 8.800868
2021-05-05 17:00:00 8.326180 8.326180 9.110169
2021-05-04 17:00:00 8.527542 8.527542 9.308648
2021-05-03 17:00:00 11.728931 6.277610 9.661608

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 8.908895 8.908895 9.243173
2021-05-08 17:00:00 8.807339 8.807339 9.310105
2021-05-07 17:00:00 10.244016 10.244016 9.437006
2021-05-06 17:00:00 11.626399 11.626399 9.630613
2021-05-05 17:00:00 9.270616 9.270616 9.862310
2021-05-04 17:00:00 9.111096 9.111096 9.974875
2021-05-03 17:00:00 8.229974 3.750810 10.421557

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 12.007685 12.007685 11.006008
2021-05-08 17:00:00 9.577677 9.577677 10.826087
2021-05-07 17:00:00 12.519936 12.519936 10.944175
2021-05-06 17:00:00 11.491443 11.491443 10.992697
2021-05-05 17:00:00 10.919089 10.919089 11.017874
2021-05-04 17:00:00 9.310817 9.310817 11.021019
2021-05-03 17:00:00 18.553459 10.700876 10.827486

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 2.731411 2.731411 4.586887
2021-05-08 17:00:00 5.708661 5.708661 4.704518
2021-05-07 17:00:00 4.709576 4.709576 4.810504
2021-05-06 17:00:00 2.320675 2.320675 4.992341
2021-05-05 17:00:00 3.533569 5.415162 5.099022
2021-05-04 17:00:00 1.103753 6.401766 5.083961
2021-05-03 17:00:00 6.162465 6.162465 5.127052

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 13.879599 13.879599 8.593026
2021-05-08 17:00:00 6.672598 6.672598 8.403836
2021-05-07 17:00:00 7.110092 7.110092 8.121826
2021-05-06 17:00:00 7.969152 7.969152 7.924150
2021-05-05 17:00:00 10.075027 10.075027 7.639446
2021-05-04 17:00:00 5.581040 5.581040 7.308007
2021-05-03 17:00:00 1.785714 25.357143 7.060177

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 10.307414 10.307414 10.003663
2021-05-08 17:00:00 7.292954 7.292954 10.482278
2021-05-07 17:00:00 11.936340 11.936340 11.282111
2021-05-06 17:00:00 6.647399 6.647399 12.069332
2021-05-05 17:00:00 2.505967 13.138686 13.171250
2021-05-04 17:00:00 21.428571 21.428571 14.382939
2021-05-03 17:00:00 1.724138 4.309252 15.799995

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 13.665743 9.028519 10.854702
2021-05-08 17:00:00 9.951557 9.951557 10.882305
2021-05-07 17:00:00 13.170287 13.170287 11.096075
2021-05-06 17:00:00 12.663021 12.663021 11.375366
2021-05-05 17:00:00 14.200030 14.200030 11.768881
2021-05-04 17:00:00 9.753483 9.753483 11.914493
2021-05-03 17:00:00 12.355908 5.255497 11.982531

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 42.194644 42.194644 28.857425
2021-05-08 17:00:00 37.653846 37.653846 29.370705
2021-05-07 17:00:00 23.193815 23.193815 29.744237
2021-05-06 17:00:00 27.543970 27.543970 30.334604
2021-05-05 17:00:00 22.488957 22.488957 30.710318
2021-05-04 17:00:00 27.919609 27.919609 30.587066
2021-05-03 17:00:00 12.894534 38.625866 31.204300

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 2.930005 1.865285 4.248192
2021-05-08 17:00:00 5.221675 5.221675 4.334530
2021-05-07 17:00:00 5.688519 5.688519 4.572722
2021-05-06 17:00:00 4.334575 4.334575 4.726887
2021-05-05 17:00:00 5.604321 5.604321 4.977420
2021-05-04 17:00:00 4.260549 4.260549 5.152918
2021-05-03 17:00:00 5.041322 2.081911 5.256883

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 8.840372 8.840372 9.336207
2021-05-08 17:00:00 9.831331 9.831331 9.470675
2021-05-07 17:00:00 7.589679 7.589679 9.557128
2021-05-06 17:00:00 10.596844 9.968373 9.660527
2021-05-05 17:00:00 8.444924 8.444924 9.782179
2021-05-04 17:00:00 10.565773 10.565773 9.855232
2021-05-03 17:00:00 11.495693 11.495693 10.073139

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 9.648173 9.648173 8.343450
2021-05-08 17:00:00 7.319186 7.319186 8.383133
2021-05-07 17:00:00 7.477515 7.477515 8.449227
2021-05-06 17:00:00 9.235225 9.235225 8.566652
2021-05-05 17:00:00 8.917656 8.917656 8.671469
2021-05-04 17:00:00 6.984171 6.984171 8.721480
2021-05-03 17:00:00 15.650741 6.692890 8.795551

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 17.880795 17.880795 12.571255
2021-05-08 17:00:00 12.064677 12.064677 12.160877
2021-05-07 17:00:00 13.200000 13.200000 12.012456
2021-05-06 17:00:00 12.595420 12.595420 11.849442
2021-05-05 17:00:00 13.617464 10.239085 11.701979
2021-05-04 17:00:00 10.710383 10.710383 11.504527
2021-05-03 17:00:00 21.084337 12.054121 11.458027

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 3.652968 3.652968 14.713346
2021-05-08 17:00:00 16.528926 16.528926 15.751734
2021-05-07 17:00:00 23.287671 23.287671 16.378054
2021-05-06 17:00:00 23.668639 23.668639 17.393890
2021-05-05 17:00:00 8.450704 8.450704 17.993222
2021-05-04 17:00:00 10.638298 10.638298 18.552400
2021-05-03 17:00:00 40.579710 13.625304 19.943057

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-09 17:00:00 15.594295 15.594295 15.211858
2021-05-08 17:00:00 13.765701 13.765701 15.573054
2021-05-07 17:00:00 12.075254 12.075254 15.885234
2021-05-06 17:00:00 18.058211 18.058211 16.422495
2021-05-05 17:00:00 18.122111 18.122111 17.000354
2021-05-04 17:00:00 21.149897 21.149897 17.487309
2021-05-03 17:00:00 18.019802 9.316611 18.316457

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.997794 7.997794 8.118650
Basilicata 17.457627 17.457627 16.606386
Calabria 10.239580 10.239580 9.538555
Campania 8.092144 8.092144 8.546908
Emilia-Romagna 22.491349 22.491349 20.287513
Friuli Venezia Giulia 4.551539 4.551539 5.374917
Lazio 5.181483 5.181483 5.190981
Liguria 7.132802 7.132802 8.094959
Lombardia 8.908895 8.908895 9.243173
Marche 12.007685 12.007685 11.006008
Molise 2.731411 2.731411 4.586887
P.A. Bolzano 13.879599 13.879599 8.593026
P.A. Trento 10.307414 10.307414 10.003663
Piemonte 13.665743 9.028519 10.854702
Puglia 42.194644 42.194644 28.857425
Sardegna 2.930005 1.865285 4.248192
Sicilia 8.840372 8.840372 9.336207
Toscana 9.648173 9.648173 8.343450
Umbria 17.880795 17.880795 12.571255
Valle d'Aosta 3.652968 3.652968 14.713346
Veneto 15.594295 15.594295 15.211858

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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